音乐学专业为山东省首批“一流本科专业”。本专业坚持立德树人根本任务，培养具有高尚师德和教育情怀以及良好的人文与学科素养，掌握音乐学专业基础理论、专业技能、教学技能，熟悉中学生身心发展规律和中学音乐教育教学基本规律，具备较强的综合育人能力和一定的教育教学研究能力以及终身学习能力，能够研究和传承地方优秀传统音乐文化，富有创新精神和实践能力，德智体美劳全面发展的合格中学音乐教师。
本专业师资力量雄厚，教学经验丰富，重视学生的专业技能和实战能力。教学成果显著：荣获第五届山东省文化创新奖、“首届全省高等学校教师微课教学比赛”二等奖、“第三届全省高校青年教师教学竞赛”三等奖；获国家级发明专利2项，省社科规划项目2项，市厅级科研项目30余项，省部级以上专业比赛奖项30余项。同时，积极引导大学生创新创业，获批国家级创新创业训练项目3项。
本专业依托菏泽深厚的优秀传统音乐文化资源，陆续将国家级非物质文化遗产—山东琴书、山东古筝乐引入课堂；同时，把目光瞄向市场和世界，撰写大型实景演出脚本、申报亚洲合作资金等项目，对音乐类非遗的传承与弘扬起到了积极的推动作用。
菏泽学院音乐与舞蹈学院音乐表演系成立于 2016 年，设有中国乐器演奏与流行演唱两个专业方向。流行演唱是山东省第五个开设此专业的高校，中国乐器演奏招收古筝、二胡、竹笛、扬琴、琵琶等中国传统乐器。音乐表演专业现有专职教师 18 人。其中教授 1 人，山东省文化艺术科学重点学科带头人 1 人，校级教学名师 1 人，副教授 2 人，讲师 14人，入选学校“5136 人才工程”1 人；博士 4 人，在读博士2 人，研究生 10人。近年来依托山东省非物质文化遗产研究基地、音乐类非遗项目科研创新团队、山东省中华优秀传统文化传承基地等科研平台，组成了以教授、副教授、博士及相关专业老师参与的科研团队，主持各类科研项目 40 余项，省部级项目 6 项。在国内外重要期刊、会议中共发表论文 100 余篇。获得省级以上奖励及表彰共计 10 余项。出版著作 7部。
本专业踏着时代前进的步伐，迅速成长为最受欢迎的专业之一。流行演唱与中国乐器演奏师生在各级各类大赛中屡创佳绩，在“青春中国-全国歌手大赛”中，两名学生进入决赛，一名学生入围全国十强；流行演唱专业的优秀毕业生王毅在2023年登上了星光大道的舞台，演唱水平得到了导演和观众的一致认可。在2021年评选的山东省第六届大学生艺术展演活动中，音乐表演专业报送的《传统笛箫制作技艺》和《大宅门写意——卢沟晓月》，分获优秀实践教学成果奖和艺术表演（器乐）一等奖。古筝演奏仅2019年就获得省级以上大赛金奖21项、银奖3项。目前，牡丹之都民乐团已纳入菏泽市“十四五”规划，对“鲁西南鼓吹乐”的挖掘与研究方兴未艾，鲁筝艺术博物馆的建成为学生艺术实践提供了更加广阔的舞台。
